Podatek VAT, czy to należny czy naliczony, z zasady kosztem być nie może. Przepisy wymieniają jednak kilka wyjątków, kiedy ten podatek można zaliczyć do kosztów firmy.

1. Jeżeli firma prowadzi sprzedaż zwolnioną z podatku VAT, to nie wolno jej odliczać VAT od zakupów, które tej sprzedaży dotyczą; wtedy cała kwota zakupów (brutto), włącznie z kwotą podatku VAT, może być zaliczona do kosztów firmy.

Przykład.
Do firmy dostarczono 2 opakowania rękawiczek jednorazowych wraz z fakturą. Jedno opakowanie jest przeznaczone do stosowania w gabinecie medycznym, gdzie są świadczone usługi zwolnione z podatku VAT, a drugie opakowanie jest przeznaczone do stosowania w gabinecie kosmetycznym, gdzie są świadczone usługi opodatkowane VAT. Zakup pierwszego opakowania będzie zaliczony w koszty w kwocie brutto, natomiast drugiego opakowania – wyłącznie w kwocie netto (a VAT odliczony).

2. Jeżeli przepis szczególny nie pozwala na odliczenie podatku VAT, wtedy również cała kwota zakupu brutto, z kwotą podatku VAT włącznie, może być zaliczona do kosztów firmy.

Przykład.
Do firmy wpłynęła faktury za paliwo do służbowego samochodu. Samochód jest osobowy,  używany do celów służbowych, lecz nie jest zgłoszony do US na formularzu VAT-26 i nie jest dla niego prowadzona ewidencja przebiegu pojazdu. Ponieważ przepis w tej sytuacji nie pozwala na odliczenie VAT, cała kwota zakupu brutto, włącznie z VAT, może być zaliczona do kosztów firmy.

3.  Jeżeli firma przekazuje nieodpłatnie swoje towary (a wcześniej odliczyła od nich VAT)  lub świadczy nieodpłatnie usługi na cele niezwiązane z działalnością, ma obowiązek opodatkować tą transakcję tak, jakby to była sprzedaż (odprowadzić VAT należny z tego tytułu do urzędu skarbowego). Kwota tak obliczonego podatku VAT może być zaliczona do kosztów firmy.

4.  Jeżeli firma dokonuje korekty podatku VAT związanego z nabyciem środków trwałych (co w największym skrócie może być spowodowane prowadzeniem sprzedaży zarówno opodatkowanej, jak i zwolnionej, lub zmianą przeznaczenia pojazdu jako środka trwałego), wtedy kwota korekty, wykazana w deklaracji VAT, może być zaliczona do kosztów firmy.